Beseda apoteka izhaja iz latinske besede apotheca (skladišče) in iz grške besede apotheke (skladišče, skedenj). Beseda dobesedno pomeni »prostor, kjer so spravljene stvari«. Gre za staro poimenovanje, ki ga je danes nadomestilo ime lekarna, čeprav starejši ljudje še vedno pogosto uporabljajo besedo apoteka.
V preteklosti so v apotekah poleg zdravil prodajali tudi tobak in različna zdravila, ki v resnici niso delovala tako, kot so obljubljali, apotekar pa je bil nekakšen prednik današnjega kemika in farmakologa. Najzgodnejši dokazi za to delo segajo v leto 2600 pred našim štetjem, in sicer v stari Babilon, kjer so bile najdene glinene tablice, na katerih so bili zapisani recepti in navodila za mešanje raznih pripravkov. Ebersov papirus iz starega Egipta, napisan okoli leta 1500 pred našim štetjem pa vsebuje zbirko več kot 800 receptov in starih receptov za apotekarje ter omenja več kot 700 različnih zdravil. Tako lahko vidimo, da se je ta poklic začel razvijati že pred mnogimi leti. V preteklosti so v apotekah prodajali zgolj nekaj zdravil, ki so dejansko zdravila bolezni, večinoma pa bi tam našli zgolj zdravila za lajšanje bolečine. Apotekarji so uporabljali tudi svoj merski sistem, s katerim so lahko izmerili natančno težo zelo majhne količine snovi. Znani so bili tudi po tem, da so sprejemali naročila za mešanje raznih strupov.
Beseda apoteka se je v zgodovini velikokrat pojavljala, konec 14. stoletja jo na primer omeni Geoffrey Chaucer v svojih slavnih Canterburyjskih zgodbah. V slovenščini se beseda pojavi v Kuharskih bukvah (leta 1799), Novicah kmetijskih, rokodelskih in narodskih reči (leta 1851) ter tudi v Kmetijskih in rokodelskih novicah leta 1843. Pojavljata se tudi besedi apotekar in apotekarija (magister apotekarije, Kmetijske in rokodelske novice). Od 15. do 16. stoletja so apotekarji uživali status izkušenega zdravnika, konec 19. stoletja pa se je zdravniški poklic razdelil tako, kot ga poznamo danes, s specifičnimi poimenovanji kot so kirurg, nevrolog, splošni zdravnik in tako naprej. Vloga apotekarja je tako postala podobna današnji vlogi farmacevta.